El relieve santafesino es una extensa llanura inclinada en dirección noroeste-sudeste, cuyos sedimentos han ido colmando una gran fosa tectónica de hundimiento. La comuna de Peyrano se encuentra en la Pampa Ondulada, situada al sudeste del río Carcarañá, es una franja litoral que topográficamente se caracteriza por estar a menos de 100 m sobre el nivel del mar; presentando ondulaciones suaves con desniveles inferiores a 5 metros y valles fluviales abarrancados, aterrazados y meandrosos. Todo el territorio santafesino, por su pendiente, pertenece a la cuenca del río Paraná y por éste a la del río de la Plata. En la región sur los ríos y arroyos, como el Saladillo, Pavón y el del Medio siguen la corriente de oeste a este que los lleva en corto recorrido al Paraná. 

En el área sur de la provincia de Santa Fe prevalece un clima templado con características pampeanas: no registra calor extremo ni frío intenso. La humedad es abundante debido a las precipitaciones, que son más intensas en verano y caen armónica y regularmente durante todo el año. La localidad se encuentra rodeada por campos sembrados. En términos generales el relieve posee leves ondulaciones y depresiones que sumado a la altura de la napa terminan por generar ciénagas y sectores donde se producen frecuentes inundaciones. La superficie total de la localidad es de 132 km². De los cuales 2,3km², son parte del ejido urbano.